實時熒光定量PCR（qPCR）是一種在PCR反應(yīng)體系中加入熒光基團，利用熒光信號累積實時監(jiān)測整個PCR進程，最后通過標(biāo)準(zhǔn)曲線對初始模板進行定量分析的方法。該技術(shù)于1996年由美國Applied Biosystems公司推出，它的出現(xiàn)解決了傳統(tǒng)PCR不能對初始模板定量分析的問題。熒光定量PCR具有準(zhǔn)確性高、靈敏度高、特異性強等優(yōu)點，目前已廣泛應(yīng)用于分子生物學(xué)研究和醫(yī)學(xué)研究等領(lǐng)域。
熒光定量PCR原理
在PCR反應(yīng)體系中加入熒光基團，隨著PCR反應(yīng)的進行，PCR反應(yīng)產(chǎn)物不斷累積，熒光信號強度也等比例增加。每經(jīng)過一個循環(huán)收集一個熒光強度信號，通過熒光強度變化檢測產(chǎn)物量的變化，末了得到一條熒光擴增曲線圖，擴增曲線橫坐標(biāo)表示循環(huán)數(shù)，縱坐標(biāo)表示熒光強度。
熒光定量PCR常用術(shù)語
基線：實時熒光定量PCR反應(yīng)的基線是指在PCR的最初幾個循環(huán)中（一般為3-15個循環(huán)）的信號水平。此階段的熒光信號變化量極小。
熒光閾值：熒光閾值是在熒光擴增曲線上人為設(shè)定的一個值，它可以設(shè)定在熒光信號指數(shù)擴增階段任意位置上，一般熒光閾值默認是PCR 3-15個循環(huán)熒光信號標(biāo)準(zhǔn)偏差的10倍。
Ct值：Ct值指的是PCR擴增過程中擴增產(chǎn)物的熒光信號達到設(shè)定的閾值時所經(jīng)過的循環(huán)數(shù)。
標(biāo)準(zhǔn)曲線：標(biāo)準(zhǔn)曲線是標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的物理/化學(xué)屬性跟儀器響應(yīng)之間的函數(shù)關(guān)系。對已知拷貝數(shù)的標(biāo)準(zhǔn)樣品做系列稀釋，對不同稀釋度的標(biāo)準(zhǔn)樣品進行熒光定量PCR并記錄Ct值，根據(jù)Ct值及拷貝數(shù)的對數(shù)繪制得到標(biāo)準(zhǔn)曲線，標(biāo)準(zhǔn)曲線的縱坐標(biāo)代表起始拷貝數(shù)的對數(shù)，橫坐標(biāo)代Ct值。
實現(xiàn)對初始模板的定量
利用實時熒光定量 PCR對樣品的初始模板量進行定量分析，需要利用已知起始拷貝數(shù)的標(biāo)準(zhǔn)品作出標(biāo)準(zhǔn)曲線，再通過熒光定量PCR獲得未知樣品的Ct值，最后從標(biāo)準(zhǔn)曲線上計算出該樣品的起始拷貝數(shù)。
標(biāo)準(zhǔn)曲線繪制
標(biāo)準(zhǔn)品的制備：設(shè)計特定引物，利用PCR對目的基因片段進行擴增，隨后將目的基因片段克隆至載體中，測序驗證是否為陽性重組質(zhì)粒，最后收集陽性克隆質(zhì)粒作為標(biāo)準(zhǔn)品。
繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線：測定質(zhì)粒的濃度，依據(jù)公式計算出質(zhì)粒的拷貝數(shù)。對質(zhì)粒進行系列稀釋，分別作為模板進行熒光定量PCR并記錄Ct值。最后依據(jù)起始拷貝數(shù)的對數(shù)及Ct值繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線，得到標(biāo)準(zhǔn)方程。當(dāng)需要對起始模板進行定量時，只需要得到擴增曲線，讀得Ct值，帶入標(biāo)準(zhǔn)方程即可對起始模板定量。
熒光標(biāo)記方法
熒光定量PCR熒光標(biāo)記方法可分為熒光染料法和熒光探針法兩類。
熒光染料：染料法是利用熒光染料可以嵌合到DNA雙鏈內(nèi)部的特性，來指示擴增產(chǎn)物的增加。
熒光探針：探針為一段寡核苷酸，可與DNA序列特異性結(jié)合，一個模板結(jié)合一個探針。探針5’端具有報告基團（R），可發(fā)光；3’端有熒光淬滅基團（Q），能吸收光。探針完整時R基團所發(fā)射的熒光能量被Q基團吸收，PCR儀檢測不到熒光信號。隨著擴增的進行，探針會被聚合酶水解，報告基團發(fā)出的光沒有被淬滅基團吸收，從而被儀器檢測到。
熒光探針與染料法對比
探針法：特異性高、重復(fù)性好，但只適合一個特定的目標(biāo)，探針價格較高。
染料法：對DNA模板沒有選擇性，適用于任何DNA，使用方便，成本低，但容易與非特異性雙鏈DNA結(jié)合，產(chǎn)生假陽性。
熒光定量PCR應(yīng)用
實時熒光PCR技術(shù)已廣泛應(yīng)用于醫(yī)學(xué)及生命科學(xué)研究的各個領(lǐng)域中。在科研方面可定量分析各種基因的表達分析，基因突變和多態(tài)性分析，單核苷酸多態(tài)SNP測定及易位基因的檢測；在醫(yī)學(xué)方面可用于免疫組化分析、早期篩查、病原體檢測、耐藥性分析、腫瘤微小殘留病變研究等。
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